Zamojska „Mundurówka” jako jedyna szkoła w regionie bierze udział w programie pilotażowym MON. Dzięki uczestnictwu w tym projekcie uczniowie zyskują m.in. dodatkowe zajęcia na terenie jednostki wojskowej, a po zakończeniu nauki wezmą udział w szkoleniu zakończonym przysięgą wojskową.
Szkoła prowadzi także klasę o profilu WOT. Część z uczniów odbyła już szkolenie i pełni służbę w Obronie Terytorialnej.
Centrum Szkół Mundurowych w Zamościu jako jedyna szkoła w regionie prowadzi klasy straży pożarnej. Uczniowie „Mundurówki” odwiedzają jednostkę, gdzie mają możliwość zapoznania się z pracą strażaków, wyposażeniem komendy i specjalistycznym sprzętem.
Dla osób, które chciałyby podjąć służbę w innej formacji, została utworzona klasa policyjna. Absolwenci klas o tym profilu otrzymują dodatkowe punkty podczas rekrutacji do tej policji. Szkoła przygotowuje do egzaminów wstępnych do służby, zarówno z wiedzy ogólnej, jak i do testu sprawnościowego.
W związku z położeniem naszego regionu na wschodniej granicy kraju w szkole prowadzone są klasy o profilu straż graniczna. Uczniowie mogą zapoznać się ze specyfiką tej służby i uczestniczą w zajęciach strzeleckich.
Od przyszłego roku w szkole wdrożone zostanie e-nauczanie, które znajdzie zastosowanie na zajęciach z wybranych przedmiotów. Uczniowie będą mogli zapoznać się z nowymi sposobami nauczania, przy wykorzystaniu m.in. platform edukacyjnych, tablic interaktywnych, na których będą pracować w czasie zajęć.